Avifauna
Abb. 1: Typische Arten der Avifauna des Nationalparks. Links das Steinhuhn (Alectoris graeca), rechts der Habicht (Accipiter gentilis).
Es wurden mehr als 100 Vogelarten gezählt, von denen ein Drittel dauerhaft im Nationalpark ansässig ist. Die wichtigsten unter ihnen sind die Raubvögel Circaetus gallicus (Schlangenadler), Falco biarmicus (Lannerfalke) und Pernis apivorus (Wespenbussard) als auch die Arten Alectoris graeca (Steinhuhn - Abb. 1) und Emberiza caesia (Grauortolan). Weitere anzutreffende Vögel sind: Buteo buteo (Mäusebussard), Falco tinnunculus (Turmfalke), Athene noctua (Steinkauz), Garullus glandarius (Eichelhäher), Caprimulgus europaeus (Ziegenmelker), Upupa epops (Wiedehopf), Accipiter gentilis (Habicht - Abb. 1), Turdus sp. (Drosselarten), Periparus ater (Tannenmeise) usw. Das Vorkommen sehr wichtiger Arten wie Gyps fulvus (Gänsegeier) und Dryocopus martius (Schwarzspecht) wird mittlerweile in Frage gestellt.
Amphibien & Reptilien
Aufgrund der fehlenden Feuchtigkeitsanforderungen sind Amphibien im Nationalpark nicht anzutreffen, vielleicht mit Ausnahme von Bufo bufo (Erdkröte). Die Reptilien, die man bei einem Besuch des Nationalparks antreffen kann, sind: Algyroides nigropunctatus subsp. kephallithacius, endemisch auf Kephalonia und Ithaka, Algyroides moreoticus (griech. Algyroides, Peloponnesiche Kieleidechse- Abb. 2), ein Endemit des Ionischen Meeres und des Peloponnes, Podarcis taurica subsp. ionica (Balkan-Mauereidechse), ein Endemit des Balkans, Vipera ammodytes (Europäische Hornotter/Hornviper) usw.
Säugetiere
Abb. 3: Erdhügel des Säugetiers Talpa stankovici (Balkanmaulwurf) (links) und Fledermausarten (Rhinolophus sp. (Hufeisennasen)) in einer der vielen Höhlen des Nationalparks (rechts).
Die Säugetierarten, die den Nationalpark bewohnen, sind typische Arten des Waldökosystems: Erinaceus roumanicus (Nördlicher Weißbrustigel), Apodemus sp. (Waldmäuse), Myoxus glis (Siebenschläfer), Rhinolophus sp. (Fledermäuse - Abb. 3), Martes foina (Steinmarder) usw. Es ist auch wahrscheinlich, dass man Individuen von Lepus europaeus (Feldhasen) antrifft. Eines der eigentümlichsten Säugetiere des Ainos ist der Insektenfresser Talpa stankovici (Balkanmaulwurf - Abb. 3), der unterirdisch in einem ausgedehnten Netz von Höhlen lebt. Er verrät seine Anwesenheit durch oberirdische Erdhügel.
Im Nationalpark gibt es keine großwüchsigen Säugetiere. Eine wichtige Ausnahme ist die kleine Herde von relativ kleinen Pferden, Equus caballus (Abb. 3), die frei und halbwild in der weiteren Umgebung des Klosters Zoodohos Pigi an den südlichen Hängen des Mount Ainos lebt.