Η γεωδιαδρομή της Ιθάκης ξεκινά στο Βόρειο τμήμα του νησιού και συγκεκριμένα τον Γεώτοπο του Μάρμακα ο οποίος αποτελεί παραλία αλλά και παράλληλα υγρότοπο (τον μοναδικό του νησιού), ο οποίος βρίσκεται έξω από το λιμανάκι του χωριού Φρίκες. Η συγκεκριμένη περιοχή αποτελεί Γεώτοπο στον οποίο βλέπουμε την εμφάνιση τριών λιθολογικών ακολουθιών, τριών διαφορετικών σχηματισμών της Ιόνιας ζώνης, τους ασβεστόλιθους του «Παντοκράτορα», τον σχηματισμό του Ammonitico Rosso και τους ασβεστόλιθους με πυριτόλιθους και αργιλικούς σχιστόλιθους. Στη συνέχεια της γεωδιαδρομής, και κατευθυνόμενοι νότια ακολουθώντας τον κεντρικό δρόμο, με μια μικρή παράκαμψη δυτικά προς το χωριό της Εξωγής κάνουμε στάση στον Άγιο Αθανάσιο ο οποίος αποτελεί αρχαιολογικό χώρο και συγκεκριμένα τον αρχαίο οχυρωματικό πύργο "Σχολή Ομήρου" ελληνιστικής - κλασικής περιόδου με ενδείξεις μυκηναϊκής αρχιτεκτονικής. Συνεχίζουμε προς το χωριό Σταυρός στο οποίο βρίσκεται η Αρχαιολογική Συλλογή Βορείου Ιθάκης η οποία στεγάζει ευρήματα από όλες τις ανασκαφές που έχουν γίνει στη βόρεια Ιθάκη από τις αρχές του 20ού αιώνα έως και σήμερα. Τα αντικείμενα που εκτίθενται στο συγκεκριμένο χώρο χρονολογούνται από την πρωτο-ελλαδική έως και τη ρωμαϊκή περίοδο. Τα περισσότερα προέρχονται από τις ανασκαφές που έγιναν στο Σπήλαιο του Λοΐζου το οποίο βρίσκεται στον όρμο της Πόλης. Στο συγκεκριμένο σπήλαιο βρέθηκαν αξιόλογα ευρήματα χρονολογούμενα από την Πρωτοελλαδική έως τη Ρωμαϊκή εποχή. Το σημαντικότερο έκθεμα της Αρχαιολογικής Συλλογής Βορείου Ιθάκης είναι το θραύσμα με την επιγραφή «ΕΥΧΗΝ ΟΔΥCCEI» που βρέθηκε στο Σπήλαιο του Λοΐζου. Στο χωριό Σταυρός επίσης αξίζει να επισκεφτούμε τον Πύργο του Τζάνη ο οποίος χαρακτηρίζεται ως ιστορικό διατηρητέο μνημείο καθώς είναι από τα ελάχιστα σωζόμενα σπίτια της Ενετοκρατίας, με ενδιαφέροντα αρχιτεκτονικά στοιχεία της εποχής της Αγγλοκρατίας στα Επτάνησα. Συνεχίζουμε τη διαδρομή μας προς το χωριό Ανωγή στο οποίο συναντάμε τον Γεώτοπο με τους τεράστιους διασκορπισμένους ογκόλιθους ασβεστολίθων, γεωλογικής προέλευσης, τα οποία ονομάζονται «Μονόλιθοι»(ή «Μενίρ»).
Ο «Αράκλης» αποτελεί τον σπουδαιότερο μονόλιθο αυτών των ιδιαίτερων διαβρωσιγενών καρστικών γεωμορφών. Επίσης στο χωριό της Ανωγής βρίσκεται το ιστορικό διατηρητέο θρησκευτικό μνημείο του ναού της "Κοιμήσεως της Θεοτόκου". Στον ίδιο δρόμο συναντάμε τη Θέση θέας όπου πανοραμικά βλέπουμε απέναντι τον Γεώτοπο ο οποίος περιλαμβάνει το Βαθύ, το Γιδάκι και τον όρμο του Σκίνου όπου μπορούμε να θαυμάσουμε την ιδιαίτερη γεωμορφολογία των όρμων αυτών, η οποία σχηματίστηκε λόγω των ευστατικών κινήσεων της θάλασσας από τις εναλλαγές παγετώδων και μεσοπαγετώδων περιόδων τα τελευταία 2 εκατομμύρια χρόνια.
Λίγο πιο κάτω βρίσκεται η διασταύρωση προς την Ιερά Μονή Καθαρών, η οποία σύμφωνα με την παράδοση, ονομάστηκε έτσι επειδή η εικόνα της Παναγίας βρέθηκε απείραχτη μέσα σε καιόμενα «κάθαρα», ξερόχορτα, θάμνους, στο σημείο ακριβώς που χτίστηκε το μοναστήρι. Η θέα της Ιθάκης από το σημείο αυτό είναι μοναδική. Φαίνεται όλο το νότιο τμήμα του νησιού, αλλά και η Κεφαλονιά, από την άλλη μεριά.
Συνεχίζοντας τη διαδρομή νότια συναντάμε τα τείχη της αρχαίας πόλης των Αλαλκομενών που διασώζονται στη θέση Πίσω Αετός (Αγ. Γεώργιος - Οχυρωματικά τείχη) καθώς και την περιοχή των λειψάνων της αρχαίας πόλης που σώζονται εκτός των τειχών της. Πριν πάρουμε το δρόμο για το Βαθύ μπορούμε να κάνουμε παράκαμψη για τον Γεώτοπο σπήλαιο των Νυμφών στο οποίο ευρήματα της αρχαιολογικής έρευνας πείθουν ότι εδώ υπήρξε λατρεία των Νυμφών. Φτάνοντας στην πρωτεύουσα της Ιθάκης, το Βαθύ, μπορούμε να επισκεφτούμε το Ναυτικό και Λαογραφικό Μουσείο της Ιθάκης το οποίο περιλαμβάνει περισσότερα από 1.500 εκθέματα, μεταξύ των οποίων παλιές φωτογραφίες, πίνακες καραβιών Ιθακήσιων πλοιοκτητών, ναυτικά όργανα και στολές κ.ά. καθώς επίσης και το Αρχαιολογικό Μουσείο της Ιθάκης στο οποίο εκτίθενται μικροαντικείμενα από αφιερώματα στο ναό του Απόλλωνα στην περιοχή του Πίσω Αετού, αλλά και μια μικρή χάλκινη προτομή του Οδυσσέα είναι ανάμεσα στα αντικείμενα που φιλοξενούνται στις προθήκες του μικρού Αρχαιολογικού Μουσείου Ιθάκης. Ολοκληρώνοντας τη γεωδιαδρομή της Ιθάκης μπορούμε να κατευθυνθούμε είτε προς τον Γεώτοπο σπήλαιο των Ριζών το οποίο βρίσκεται μετά το χωριό Περαχώρι είτε προς τις παραλίες Σαρακίνικο και Φιλιατρό όπου εμφανίζονται πετρώματα της Ιονίου ζώνης. Εκεί υπάρχει και η δεύτερη θέση θέας από όπου μπορούμε να δούμε σχεδόν ολόκληρη τη στωματογραφική ακολουθία της Ιονίου ζώνης που χαρακτηρίζει λιθολογικά το νησί της Ιθάκης.