Το Σπήλαιο των Ριζών βρίσκεται στο νοτιοανατολικό τμήμα της Ιθάκης. Ξεκινώντας από το Βαθύ και παίρνοντας το δρόμο προς Μαραθιά, λίγο πριν την περιοχή Ανεμοδούρι, ξεκινά το μονοπάτι το οποίο μας οδηγεί στο σπήλαιο. Στο εσωτερικό του διακρίνουμε τις εντυπωσιακές ρίζες μιας γέρικης συκιάς, οι οποίες πιθανόν να δίνουν και στη σπηλιά Ρίζες την ονομασία της (Εικόνα 1). Το σπήλαιο έχει σχετικά μεγάλη χωρητικότητα,για τα δεδομένα της Ιθάκης, και για αυτό στο παρελθόν χρησίμευε για να σταβλίζονται ζώα. Επίσης, ορισμένοι ερευνητές αναφέρουν ότι πιθανόν η Σπηλιά Ρίζες να αποτελεί το ομηρικό Σπήλαιο του Ευμαίου, του χοιροβοσκού του Οδυσσέα,στο οποίο έκλεινε τα ζώα του.
Γεωποικιλότητα
Πρόκειται για ένα σχετικά μικρό αλλά εντυπωσιακό βάραθρο/δολίνη, το οποίο αναπτύσσεται σε λευκούς λεπτοστρωματώδεις ασβεστόλιθους με ενστρώσεις και κόνδυλους πυριτολίθων, οι οποίοι ανήκουν στο σχηματισμό της Βίγλας, ηλικίας A. Ιουρασικό- K. Κρητιδικό(163,5-100,5 εκατ. έτη) (Εικόνα 2). Το σπήλαιο διαθέτει οριζόντια φυσική είσοδο (Εικόνα 3), μέσω ενός μικρού σχετικά ανοίγματος. Δίπλα από την είσοδο, στο πλάι της οροφής του σπηλαίου υπάρχει ένα μεγάλο άνοιγμα, το οποίο έχει δημιουργηθεί από κατακρήμνιση τμήματος της οροφής (Εικόνα 4). Εξαιτίας αυτού του ανοίγματος, το μεγαλύτερο μέρος του σπηλαίου είναι καλά φωτισμένο και το κλίμα του επηρεάζεται έντονα από τις συνθήκες του εξωτερικού περιβάλλοντος, καθώς μπαίνει έντονο φως και αρκετός αέρας. Στο σπήλαιο αυτό μπορούμε να διακρίνουμε μερικές μορφές καρστικοποίησης στα τοιχώματα του. Επίσης, διακρίνουμε ελάχιστα σπηλαιοθέματα (Εικόνα 5), όπως ορισμένους σταλακτίτες, «μέδουσες», και κοντά στην είσοδο του σπηλαίου μία κολώνα.
