Το σπήλαιο της Δρογκαράτης αποτελεί ένα από τα πιο σημαντικά σπήλαια της Κεφαλονιάς, αν όχι το πιο σημαντικό, παρουσιάζοντας τον πιο πλούσιο διάκοσμο. Για το λόγο αυτό συγκαταλέγεται στα ομορφότερα ασβεστολιθικά σπήλαια της Ελλάδας. Βρίσκεται σε υψόμετρο 120 μ στην περιοχή των Χαλιωτάτων σε απόσταση 5 χιλιομέτρων από τη Σάμη.
Ανακαλύφθηκε όταν κατά την διάρκεια ισχυρού σεισμού κατέρρευσε τμήμα του, το οποίο σήμερα αποτελεί και την είσοδο του. Ξεκίνησε να λειτουργεί ως τουριστικό σπήλαιο το 1963. Το βάθος του σπηλαίου φτάνει τα 95 μ και το ύψος της οροφής του είναι 20 μέτρα. Η θερμοκρασία του σπηλαίου είναι 18οC και η υγρασία αγγίζει το 90%.
Γεωποικιλότητα
Το σπήλαιο της Δρογκαράτης (Εικόνα 1) αναπτύσσεται σε έντονα τεκτονισμένους ασβεστόλιθους του Παλαιογενούς (Παλαιόκαινο-Ηώκαινο, 65,5-33,9 εκ. έτη). Η μορφή, η εξέλιξη και η διεύθυνση του σπηλαίου εξαρτώνται από τις έντονες τεκτονικές κινήσεις οι οποίες επικρατούν στην περιοχή, εξαιτίας της θέσης της κοντά στο μέτωπο ενός μεγάλου ρήγματος (επώθηση πετρωμάτων της Ιόνιας ζώνης σε αυτά της Προ-Απούλιας ζώνης). Οι τεκτονικές αυτές κινήσεις αποτυπώνονται στα ανθρακικά πετρώματα της περιοχής με τη μορφή ρηγμάτων και διακλάσεων (μικρά σπασίματα). Σε αυτά τα «σπασίματα» οφείλει τη δημιουργία και ανάπτυξη του το σπήλαιο. Από μετρήσεις των διακλάσεων που έγιναν στο σπήλαιο φαίνεται ότι η διεύθυνση ανάπτυξής του σπηλαίου ακολουθεί τη διεύθυνση ανάπτυξής των κύριων ρηγμάτων που επικρατούν στην περιοχή και η οποία είναι ΒΒΔ-ΝΝΑ. Το καρστικό έγκοιλο χωρίζεται σε δύο κυρίως τμήματα. Το πρώτο τμήμα ήταν άλλοτε προέκταση του σπηλαίου και εξαιτίας της κατακρήμνισης της οροφής του, έχει μετατραπεί σε μικρή δολίνη. Το γεγονός αυτό το μαρτυρούν οι πελώριοι σταλαγμίτες που βρίσκονται σε ορισμένα σημεία του βυθίσματος το οποίο έχει διευθετηθεί με σκαλοπάτια και πλατύσκαλα, έτσι ώστε να μας οδηγούν στο δεύτερο και κυρίως τμήμα του σπηλαίου. Συγκεκριμένα η ανατολική παρειά της δολίνης έχει μικρή κλίση και εκεί έχει κατασκευασθεί ο διάδρομος που καταλήγει στην είσοδο του κυρίως σπηλαίου. Το δεύτερο τμήμα είναι το κυρίως σπήλαιο, το οποίο αποτελείται από ένα μεγάλο θάλαμο μήκους 100 μ και χωρίζεται σε δύο επίπεδα. Το πρώτο επίπεδο (υψηλότερο) αποτελεί τον «εξώστη» ο οποίος σχηματίστηκε από ογκόλιθους που αποσπάσθηκαν από την οροφή. Πιο συγκεκριμένα ο εξώστης είναι υπερυψωμένος και περιφραγμένος από ψηλούς σταλαγμίτες. Το δεύτερο επίπεδο αποτελεί μία επίπεδη ημικυκλική αίθουσα διαστάσεων 65x40 μ και ύψος 20 μ περίπου, σαν ένα φυσικό αμφιθέατρο μεγάλων διαστάσεων όπου λόγω της εξαιρετικής ακουστικής έχουν οργανωθεί αρκετές συναυλίες και εκδηλώσεις.
Για το λόγο αυτό αυτή η κεντρική αυτή αίθουσα ονομάζεται «Σάλα της Αποθεώσεως» και αντίστοιχα ο εξώστης «Βασιλικός εξώστης» καθώς έχει διευθετηθεί για την εγκατάσταση των επισήμων. Το σπήλαιο της Δρογκαράτης είναι ένα ζωντανό σπήλαιο καθώς συνεχίζεται η δημιουργία του. Παρατηρείται παντού η πτώση σταγόνων από τους σταλαγμίτες. Εκτός από τη κεντρική αίθουσα, στη διαδρομή για τους επισκέπτες, βλέπουμε από κοντά υπέροχους σταλαγμίτες, σταλαχτίτες και μικρές λιμνούλες. Έχει διαπιστωθεί επίσης ότι το σπήλαιο πιθανότατα επικοινωνεί με άλλα σπήλαια ή καρστικά έγκοιλα της περιοχής όπως το σπήλαιο Αγγαλάκι και το σπήλαιο των Αγίων Θεοδώρων και συνδέεται συνεπώς με το ευρύτερο καρστικό δίκτυο της Σάμης.
Ολοκληρώνοντας τον πλούσιο διάκοσμο του σπηλαίου τον αποτελούν τα ακόλουθα σπηλαιοθέματα:
- Σταλακτίτες: Σπηλαιοθέματα που δημιουργούνται μέσω σταγονορροής που προέρχεται μέσα από διακλάσεις στην οροφή του σπηλαίου, με τη σταδιακή εναπόθεση ανθρακικού ασβεστίου (CaCO3) το οποίο είναι διαλυμένο μέσα στο νερό και καθιζάνει είτε ως κρυσταλλική μορφή είτε ως άμορφο κατά τη διάρκεια της σταγονορροής και κρέμονται από την οροφή. Ένας σταλακτίτης μεγαλώνει περίπου ένα εκατοστό κάθε εκατό χρόνια (Εικόνα 4&5).
Εικόνα 4 Σταλακτίτες 
Εικόνα 5. Δημιουργία Σαλακτίτη - Σωληνοειδείς σταλακτίτες: λεπτοί σταλακτίτες που αναπτύσσονται κατά μήκος διακλάσεων του σπηλαίου (Εικόνα 6).
Εικόνα 6. Σωληνοειδείς σταλακτίτες - Σταλαγμίτες: Σπηλαιοθέματα που δημιουργούνται από τη σταγονορροή της οροφής και αναπτύσσονται στο δάπεδο κάθετα σε αυτό προς τα πάνω, μετά την πτώση της σταγόνας από την οροφή. Συνήθως βρίσκονται απέναντι από σταλακτίτες.
- Κολώνες: Σχηματίζονται από σταλαγμίτες και σταλακτίτες που έχουν ενωθεί μεταξύ τους (Εικόνα 7).
Εικόνα 7. Κολώνες - Κουρτίνες: Σπηλαιοθέματα με κυματοειδή μορφή, που στηρίζονται από την οροφή ή τα τοιχώματα του σπηλαίου. Σχηματίζονται όταν η σταγόνα δεν πέσει κατευθείαν από την οροφή αλλά κυλώντας από την οροφή και τα τοιχώματα αποθέτει ανθρακικό ασβέστιο κατά μήκος λεπτής γραμμής. Συνεχίζοντας αυτή τη διαδικασία το πάχος της γραμμή αυξάνει σχηματίζοντας μία επιφάνεια ροής. Έτσι το νερό θα ακολουθεί πάντοτε τον ίδιο δρόμο με αποτέλεσμα την συνεχή ανάπτυξη της κουρτίνας(Εικόνα 8).
Εικόνα 8. Κουρτίνες - Ελικτίτες: Σπηλαιοθέματα που προκύπτουν από απόθεση ανθρακικού ασβεστίου, έχουν οριζόντια, γωνιώδη ή καμπυλόγραμμη ανάπτυξη αψηφώντας τον νόμο της βαρύτητας και κάποιοι ομοιάζουν με μικρούς οριζόντιους σταλακτίτες ενώ άλλοι έχουν σπειροειδές σχήμα. Αναπτύσσονται στα τοιχώματα, στο δάπεδο όσο και στις οροφές των σπηλαίων αλλά και πάνω σε άλλα σπηλαιοθέματα. Είναι λεπτές, ινώδεις μορφές με διάμετρο από 0,5 έως μερικά mm και μπορεί να έχουν μήκος από μερικά εκατοστά έως και μέτρα (Εικόνα 9).
Εικόνα 9. Ελικτίτες
Βιοποικιλότητα
H βλάστηση γύρω από το σπήλαιο είναι η τυπική, πλούσια, υψηλής αισθητικής αξίας μακκία της περιοχής, με δενδρώδη είδη, όπως ο σχίνος (Pistacia lentiscus), το πουρνάρι (Quercus coccifera), το κυπαρίσσι (Cupressus sempervirens) κ.ά., καθώς και θαμνώδη είδη, όπως τα σπάρτα (Spartium junceum) και οι βατομουριές (Rubus spp.). Επίσης, στον περιβάλλοντα χώρο έχουν καταγραφεί φτέρες (Asplenium scolopendrium sub sp. scolopendrium) και πολλά ποώδη είδη. Μεταξύ αυτών, ξεχωρίζει η παρουσία μιας πανέμορφης καμπανούλας, ενδημικής των Ιονίων Νήσων (Campanula garganica sub sp. cephallenica). Αναφορικά με την πανίδα του σπηλαίου, έχουν καταγραφεί σημαντικότατα, κυρίως τρωγλόφιλα είδη ασπονδύλων. Ενδεικτικά, αναφέρεται το ορθόπτερο Dolichopoda pavesii, ενδημικό των σπηλαίων Δρογκαράτη και Δρακοσπηλιά Αβύθου (Τρωτό, σύμφωνα με την IUCN), το κολεόπτερο Speluncarius henroti, ενδημικό των σπηλαίων Δρογκαράτη και Αγκαλάκι (ανακαλύφθηκε για πρώτη φορά εδώ!), ο ψευδοσκορπιός Roncus pieperi, ενδημικό των σπηλαίων Δρογκαράτη και Φυτίδι κ.ά. Απαιτείται σήμερα μία επανεξέταση της κατάστασης διατήρησης όλων αυτών των ειδών στο σπήλαιο, λόγω της έντονης τουριστικής εκμετάλλευσής του. Εξάλλου, εξαιτίας αυτής, έχει περιοριστεί σημαντικά και η παρουσία νυχτερίδων εντός του σπηλαίου, καθώς στις πλέον πρόσφατες καταγραφές εντοπίστηκε μόνο ο μικρορινόλοφος Rhinolophus hipposideros.
