Στη θέση, που υψώνεται ο Αίνος, στην αρχή του Μεσοζωικού, πριν από περίπου 225 εκατομμύρια χρόνια, υπήρχε μία και μόνο υπερήπειρος, η Πανγαία, η οποία περιβαλλόταν από έναν αχανή ωκεανό. Στην ανατολική Ισημερινή περιοχή μεταξύ Αφρικής και Ευρώπης και μεταξύ Ινδίας και Ασίας βρισκόταν ένας γιγαντιαίος κόλπος, η θάλασσα της Τηθύος. Στο τέλος του Τριαδικού (205 εκατ. έτη) άρχισε να σπάει η Πανγαία. Το κομμάτι των βόρειων ηπείρων ονομάστηκε Λαυρασία και το κομμάτι των νότιων Γκοντβάνα. Ο συνολικός χρόνος σπασίματος ξεπερνάει τα 200 εκατ. έτη και εμφανίστηκε σε τέσσερα στάδια.
Στον πυθμένα της θάλασσας της Τηθύος, συσσωρεύονταν συνεχώς ιζήματα, δηλαδή υλικά, που προέρχονταν από τη διάβρωση των πετρωμάτων των δύο ηπείρων. Στα νερά της Τηθύος ζούσαν επίσης πολυάριθμα είδη οργανισμών, τα κελύφη και οι σκελετοί των οποίων θάβονταν μέσα στα ιζήματα. Από τη συσσώρευση αυτών των ιζημάτων σχηματίστηκαν τα ασβεστολιθικά πετρώματα που συναντάμε σήμερα στις οροσειρές της Ελλάδας. Με το τέλος του Μεσοζωικού άρχισε μια περίοδος μεγάλων τεκτονικών κινήσεων του στερεού φλοιού σε ολόκληρο το χώρο της Τηθύος. Οι τεκτονικές κινήσεις είναι ανοδικές ή καθοδικές και επηρεάζουν μεγάλες περιοχές του γήινου φλοιού, δημιουργώντας πολυάριθμα ρήγματα. Αποτέλεσμα αυτών των κινήσεων ήταν η δημιουργία του σημερινού ελλαδικού χώρου και η ανάδυση του Αίνου από τα νερά της Τηθύος, που αποτελεί μέρος των ελληνίδων οροσειρών. Η σημερινή μορφή του Αίνου οφείλεται στη συνδυασμένη δράση των τεκτονικών κινήσεων και της διάβρωσης.
Ο Αίνος ανήκει στην Προ-Απούλια ζώνη και επικρατούν λεπτοστρωματώδεις έως παχυστρωματώδεις ασβεστόλιθοι κυρίως του Α. Κρητιδικού (100,5-66,00 εκατ. έτη) καθώς και δολομίτες του Κ. Κρητιδικού (145,0-100,5 εκατ.έτη), οι οποίοι επικρατούν στα χαμηλότερα τμήματα των νοτιοδυτικών κλιτύων του Αίνου. Περιέχει διάφορα απολιθώματα θαλάσσιων οργανισμών όπως: Τρηματοφόρα, Ρουδιστές και Γαστερόποδα. Τα πιο χαρακτηριστικά απολιθώματα του Αίνου είναι οι ρουδιστές τους οποίους συναντάμε σε αφθονία στον Γεώτοπο θέση ρουδιστών, οι οποίοι αποτελούν παχυοδοντικά ανισόθυρα δίθυρα μαλάκια (Εικόνες 1-3). Η μία θυρίδα είναι πολύ ανεπτυγμένη και κωνική (μέχρι και 1m μήκος), ενώ η άλλη πολύ μικρότερη. Οι ρουδιστές κυριάρχησαν και δημιούργησαν εκτεταμένους υφάλους (Εικόνα 4&5) στο Ιουρασικό και το Κρητιδικό όπου ζούσαν σε αποικίες στις θερμές περιοχές της Τηθύος. Κυριάρχησαν στο Ανώτερο Κρητιδικό, στο τέλος του οποίου εξαφανίστηκαν. Περιλαμβάνουν δύο οικογένειες: τους ιππουρίτες (Hippuritidae) και τους ραδιολίτες (Radiolitidae). Οι ιππουρίτες πήραν το όνομά τους από το σχήμα τους που μοιάζει με ουρά ίππου. Οι ραδιολίτες ήταν μαλάκια παρόμοια με τους ιππουρίτες, αλλά πιο ογκώδη.
Βιοποικιλότητα
Ο Εθνικός Δρυμός Αίνου αποτελεί, χωρίς αμφιβολία, την πιο σημαντική και καλά μελετημένη, προστατευόμενη περιοχή της Κεφαλονιάς, με πλουσιότατη βιοποικιλότητα. Όπως εύκολα διαπιστώνει κανείς κοιτώντας γύρω του, το πιο επικρατές στοιχείο της περιοχής είναι το πυκνό δάσος της κεφαλληνιακής ελάτης (Abies cephalonica). Μάλιστα, αυτό το είδος πρωτοπεριγράφηκε στην Κεφαλονιά το 1832 και είναι ενδημικό της Ελλάδας. Στον Εθνικό Δρυμό έχουν καταγραφεί περί τα 450 taxa φυτών, μεταξύ των οποίων, δύο στενότοπα ενδημικά των μεγαλυτέρων υψομέτρων του Αίνου, η κεφαλληνιακή βιόλα (Viola cephalonica)και η κεφαλληνιακή σκουτελλάρια (Scutellaria rupestris subsp. cephalonica). Το μεν πρώτο έχει τον σημαντικότερο υποπληθυσμό του στο περιφραγμένο χώρο του κοντινού ‘Πάρκου Κεραιών’, ενώ το δεύτερο απαντάται επίσης στην περιοχή. Επιπλέον, το υποείδος Ajuga orientalis subsp. aenesia αποτελεί ενδημικό της Κεφαλονιάς και πολλά άλλα φυτικά taxa είναι σπάνια/ενδημικά του Ιονίου ή της Ελλάδας, γενικότερα. Θα πρέπει επίσης να σημειωθεί ότι στον Εθνικό Δρυμό έχει καταγραφεί μία πλούσια χλωρίδα ορχεοειδών, αποτελούμενη από περίπου 25 taxa, κάποια εκ των οποίων ενδημικά της Ελλάδας. Πλούσια είναι και η ποικιλότητα των μανιταριών, για κάποια εκ των οποίων η καταγραφή στον Εθνικό Δρυμό αποτελεί και πρώτη καταγραφή για την Ελλάδα! Αξιοσημείωτη είναι και η ορνιθοπανίδα του Εθνικού Δρυμού, με περισσότερα από 100 είδη πουλιών καταγεγραμμένα μέχρι σήμερα, μεταξύ αυτών, πολλά είδη αρπακτικών και πολλά στρουθιόμορφα. Μάλιστα, ο λιβαδόκιρκος (Circus pygargus) έχει αξιολογηθεί ως Κρισίμως Κινδυνεύων για την Ελλάδα, το χρυσογέρακο (Falco biarmicus) και ο χρυσαετός (Aquila chrysaetos) ως Κινδυνεύοντα, η αετογερακίνα (Buteo rufinus) ως Τρωτό, και ο φιδαετός (Circaetus gallicus), η σιταρήθρα (Alauda arvensis) και ο σταχτοκεφαλάς (Lanius minor) ως Σχεδόν Απειλούμενα. Σημαντικό στοιχείο της ορνιθοπανίδας είναι και η πετροπέρδικα (Alectoris graeca), Τρωτό είδος για την Ελλάδα, που ζει στις κορυφές του Αίνου και σε απότομες βραχοπλαγιές, συνεπώς η παρούσα θέση αποτελεί τμήμα του βιοτόπου της. Στον Εθνικό Δρυμό έχουν επίσης καταγραφεί 14 είδη ερπετών, όπως η μωραϊτόσαυρα (Algyroides moreoticus), ενδημικό είδος της Ελλάδας, που εντοπίζεται ευκολότερα σε σκιερές θέσεις εντός του ελατοδάσους, κ.ά. Από θηλαστικά, ίσως το πιο ιδιαίτερο είδος είναι ο ασπάλακας (Talpa stankovici), που ζει κάτω από το έδαφος και σε ελληνικά νησιά απαντάται μόνο στον Αίνο και στην Κέρκυρα.
